软件技术是计算机专业教学中重要的技术之一，微软是全球领先的软件供应商之一，北航和Microsoft公司的合作深入而广泛，中心最早1998年参加微软面向大学的AATP计划，获得授权使用微软操作系统、办公软件、数据库等平台软件，微软同时向计算机学院教师赠送大批微软各方面软件，同时中心教师银斌、王丽、焦福菊获得微软多项认证证书，在此技术上面向全校本科生开设三门选修课程，内容涵盖操作系统、办公自动化和数据库技术。2002年计算机学院成立仪式上， 李未校长和微软中国研究院院长张亚勤博士签署了双方合作协议，北航和微软的合作在科研上进一步深入。
有关合作：
2001年计算机学院学生参加微软.NET开发竞赛，获得亚太区和中国区冠军，微软总裁比尔?盖茨先生亲自为获奖学生颁奖。
2003年开始，北航和微软在嵌入式开发平台技术中开展深入合作，中心尚利宏、张炯老师受聘为微软特聘专家，先后组织学生参加微软嵌入式开发大赛，2003年学院学生王宇洁、田冰、宫晨、曾骁、苏袆、田乐获微软“创新杯”软件开发大赛三等奖，2005年、2006年组织的学生队伍参加微软嵌入式大赛，进入全球前300名。
2006年6月，北航计算机学院学生章云樵作为微软优秀实习生代表参加“比尔?盖茨烤肉PARTY”，这是中国实习生第一次被选到盖茨家中作客。
